Морская Фрахтовая Компания "Флагман" работает в следующих направлениях научной деятельности:

• организация морских и речных сообщений и система управления транспортным процессом;
• определение эффективности мониторинга и управления движением флота на основе АИС, АПИ СРНС;
• автоматизированные системы управления движением флота;
• анализ основных характеристик транспортного процесса в Азово-Черноморском бассейне и устьевых районах внутренних водных путей;
• анализ и прогнозирование характеристик качества и эффективности управления флотом;
• разработка методов и систем обеспечения безопасности мореплавания в современных условиях судоходства;
• определение особенностей движения и анализ основных характеристик транспортного процесса судов смешанного плавания и морских костеров в акваториях Средиземноморского бассейна и европейских стран.